Στη μελισσοκομία υπάρχουν διάφοροι τρόποι να διαχειριστεί κανείς τα μελίσσια του. Υπάρχουν βέβαια οι βασικοί κανόνες που πρέπει κάποιος να ακολουθεί, αλλά η εφαρμογή τους γίνεται με το ξεχωριστό μεράκι του κάθε μελισσοκόμου. Ακριβώς επειδή η μελισσοκομία είναι πρώτα η αγάπη και to μεράκι για τις μέλισσες και τον κόσμο τους, σπάνια θα βρεί κανείς μελισσοκόμο που μη μιλάει με πάθος και να βαριέται τη δουλειά του.
Πέρα από την ανάπτυξη των μελισσιών και την καταπολέμηση των ασθενειών βασικός μας στόχος είναι να βγάλουμε μέλι. Η αντιμετώπιση των ασθενειών γίνεται πάντα με βιολογικό τρόπο. Οταν αυτός δεν πετύχει, σπάνια βέβαια, χρησιμοποιούμε εγκεκριμένα φάρμακα πάντα 3 μήνες πρίν την παραγωγή μελιού οπότε και δεν υπάρχουν κατάλοιπα στο μέλι.
Μέσα σε μια κυψέλη ο πλυθησμός των μελισσών κατενέμεται σε ομάδες μελισσών με διαφορετικούς ρόλους. Μία ομάδα, συνήθως οι νέες μέλισσες, ασχολούται με την εκτροφή του γόνου, άλλη ομάδα με τον καθαρισμό και την ετοιμασία των κελιών για γέννα, άλλη ομάδα ασχολείται με τη φύλαξη της εισόδου της κυψέλης και τέλος άλλη ομάδα για τη συλλογή νέκταρ.
Οταν ένα μελίσσι είναι μικρό ο βασικός στόχος των μελισσών είναι η εκτροφή γόνου και όσες μέλισσες περισσεύουν συλλέγουν νέκταρ. Αν επίσης ένα μελίσσι ενοχλείται συχνά είτε από άλλα έντομα ή μικρά ζώα που θέλουν να μπούν στην κυψέλη και να φάνε το μέλι τότε ευξάνεται ο αριθμός των μελισσών που φρουρούν την κυψέλη. Ολα αυτά έχουν αποτέλεσμα στη συλλογή νέκταρ. Συνήθως πριν την νεκταροέκκριση μιας περιοχής ενώνουμε 2 ή 3 μελίσσια σε ένα έτσι ώστε να δημιουργήσουμε μεγάλο περίσσευμα από μέλισσες οι οποίες θα βγούν να μαζέψουν μέλι. Ετσι οι αποδόσεις σε μέλι αυξάνονται γεωμετρικά μέσα σε μια κυψέλη.
Υπάρχουν και διάφορες άλλες πρακτικές για να πάρουμε πιο πολλά μέλια οι οποίες εφαρμόστηκαν από παλιούς και έμπειρους μελισσοκόμους παίρνωντας και το όνομά τους. Τέτοιες είναι η μέθοδος Μπαμπίλη, η μέθοδος Νικολαίδη και πολλές άλλες που έχουν να κάνουν με τον τρόπο διαχείρησης του μελισσιού.
Επίσης εκτός και της μελισσοκομικής πρακτικής παίζει ρόλο και η διαχείρηση του μελιού. Η καθαριότητα του χώρου εξαγωγής του μελιού είναι πολύ σημαντική όπως και η σωστή λειτουργία του μελισσοκομικού εξοπλισμού. Το μέλι, σαν τελικό προιόν στο βάζο, δεν έχει υποστεί καμία επεξεργασία ούτε εχει θερμανθεί. Η θέρμανση του μελιού καταστρέφει τις αντιβακτηριακές του ιδιότητες. Η διήθηση του μελιού το εμποδίζει να ζαχαρώσει. Ομως αφαιρεί και τους κόκκους γύρης μειώνοντας κατά πολύ τις θρεπτικές του ιδιότητες.